Niektóre dokumenty podają 1160 rok, jako datę erekcji - czyli datę powstania parafii.

Niestety nie zachował się dokument erekcyjny, gdyż został on - prawdopodobnie - spalony podczas najazdu przez wojska Rakoczego w 1657 roku. W 1215 roku znany kronikarz Jan Długosz, pisząc o dziesięcinach snopowych z kilku wiosek położonych w okolicach Czchowa, wymienia Gnojnik na pierwszym miejscu. Umieszczanie parafii Gnonik na pierwszej pozycji, nie pasuje do żadnego „klucza” – ani alfabetycznego, ani położenia geograficznego.

Można sądzić, że była to klasyfikacja wg wysokości oddawanej dziesięciny co świadczy o tym, że Gnojnik – na owe czasy – był potęgą gospodarczą, zwłaszcza iż przez Gnojnik przebiegał trakt handlowy z Krakowa na Węgry. Istnienie parafii potwierdza także zapis historyczny z 1215 roku, w którym biskup krakowski Wincenty Kadłubek, podarował kapitule krakowskiej dziesięciny z Czchowa oraz dziewiętnastu położonych wokół niego wsi - w tym Gnojnika.

Pierwsza – nie budząca żadnych wątpliwości - wzmianka o istnieniu kościoła i parafii pochodzi ze spisu Świętopietrza z 1325 roku. Trudno jednak przypuszczać, aby ten rok był początkiem powstania parafii, ponieważ z zachowanych dokumentów wynika, że w tymże roku liczba mieszkańców Gnojnika wynosiła już 465 osób, co – na owe czasy – było liczbą bardzo znaczącą, a gęstość zaludnienia wynosiła 34 osoby na kilometr kwadratowy i była jedną z większych w całej Małopolsce.

Wraz z rozwojem gospodarczym kraju, następuje także rozwój wsi. Obecnie parafia liczy 2280 wiernych, dla których posługę duszpasterską pełni trzech kapłanów.